Alajärven kypsyminen kaupungiksi kesti yli 7000 vuotta. Rautakauden ihmiset metsästivät ja kalastivat seudulla jo runsaat 5000 vuotta eKr, jolloin muu Pohjanmaa oli vielä veden alla. Samoja reittejä meloivat 1400-luvulta lähtien hämäläiset, rannikon ruotsalaiset ja sittemmin Kustaa Vaasan lähettämät savolaiset, joiden murre tuli lopulta hallitsevaksi Alajärvellä.

Metsäläiset kesytti kirkko, jonka ohjaava ote ulottui Pietarsaaresta Alajärvelle 1400-luvun lopulta lähtien. Vuodesta 1637 kirkolliset vallanpitäjät tulivat lähemmäksi, kun perustettiin Lappajärven kappeli ja 1751 oma kappeliseurakunta, joka itsenäistyi 1875. Kruunu auttoi järjestyksen luomisessa lähettämällä paikkakunnalle virkanimismiehiä 1700-luvun lopulla.

Kirkko opetti kansan myös lukemaan. Vuonna 1868 perustettu kunta otti vähitelle vastuun maallisen toiminnan kehittämisestä ja opetuksestakin perustamalla ensimmäisen kansakoulun 1883. Maamieskoulu saatiin 1925 ja oppikoulu 1946. Kauppaoppilaitos aloitti toimintansa 1964, kansalaisopisto 1965 ja musiikkiopisto 1980.

Vaikka Alajärvi sijaitsee kaukana kriisipesäkkeistä, siitä huolimatta täällä otettiin mittaa vieraan vallan miehistä niin isovihan kuin Suomen Sodankin aikana. Luonnon aiheuttamia koettelemuksia olivat suuret nälkävuodet 1867-68, jolloin nälkään ja tauteihin menehtyi noin 600 ihmistä. Talvi- ja jatkosota 1939-45 veivät manan majoille yli 150 alajärveläismiestä.

Tervakauden jälkeen tärkeimmikisi elinkeinoiksi tulivat karjatalous, maanviljely ja metsänhoito. Elinkeinoelämän yksipuolisuus ja maanomistuksen epätasaisuus veivät 1898-1918 yhteensä 3098 miestä ja naista siirtolaisiksi, pääasiassa Amerikkaan. Lähteneiden määrä oli kolmanneksi suurin koko maassa. Lähes yhtä laajaa oli muutto Ruotsiin 1950- ja 1960-luvuilla.

Elinkeinoelämän monipuolistuminen ja koululaitos saivat aikaan voimakkaan muutoksen 1960-luvulta lähtien. Uusia tärkeitä teollisuudenaloja olivat huvilanveisto, mattokutomot, konepaja-, valmistalo-, pelti- ja alumiiniteollisuus.

Professori Eero Nelimarkan 1964 perustamasta Nelimarkka-museosta tuli sittemmin Etelä-Pohjanmaan aluetaidemuseo. Alajärvestä tuli myös laajemman alueen palvelukeskus. Valtio palkitsi tapahtuneen kehityksen asetuksella jonka perusteella Alajärvestä tuli kaupunki 1.1.1986.